Дерево проекта

Внутри папки проекта две главные части: www — сам сайт, и modules — типы блоков, из которых собираются страницы.

www/
  pages.json          реестр страниц сайта
  pages/<name>.json   данные страницы: разделы и SEO
  project.json        общие настройки и переменные проекта
  menus/              пункты меню
  templates/          структура: каркас страницы, шапка, подвал, вёрстка меню
  frontend/           оформление: styles/ (SCSS), scripts/ (JS), img/, fonts/
  public/             публичные файлы: images/ и собранный skin/
modules/              модули проекта (типы блоков)
memory/               рабочие заметки по проекту

Запомнить проще всего так: templates отвечает за структуру страницы, frontend — за оформление и поведение, public/skin — за то, что уехало в браузер. Собранные файлы в public/skin править не нужно — их перезапишет сборка.

Что можно править руками

Шаблоны, стили, скрипты, модули и картинки — обычные файлы, правьте их в любом редакторе.

А вот pages.json, pages/*.json, project.json и menus/*.json напрямую править не стоит: эти файлы ведёт редактор и проверяет их по ревизиям. Ручная запись мимо редактора конфликтует с открытой Studio. Из IDE их меняют через Agent Gateway — тем же путём, что и сама Studio.